Die Dotierung des Österreich-Fonds erfolgt in Höhe des Bundesanteils des aus dem befristeten Steuersatz von 55 % geschätzten Mehraufkommens in Höhe von 50 Mio. Euro jährlich.​

Von den Ertragsanteilen des Bundes bei der Lohnsteuer im Jahr 2016 wird ein Betrag von 33,7 Mio. Euro am 20. Mai 2016 an den Österreich-Fonds gemäß FTE-Nationalstiftungsgesetz überwiesen (erstmalige Ausschüttung).​

In den Jahren 2017 - 2020 wird der Österreich-Fonds gemäß Finanzausgleichsgesetz 2017 mit jeweils 33,7 Mio. Euro dotiert. ​

Die Fördermittel des Österreich-Fonds werden nach Abzug der Länder- und Gemeindeanteile für den Zeitraum seines Bestehens 2016-2020 für die Förderung im Bereich der Grundlagenforschung sowie für Förderung der angewandten Forschung und der Technologie- und Innovationsentwicklung verwendet.​